Der Einfall der Hunnen im Jahre 375 n. Chr. löste Fluchtbewegungen aus, in der weite Teile Europas in Bewegung gerieten (Völkerwanderung). Menschen verließen mit allem, was sie tragen konnten ihre Heimat und suchten anderswo eine neue Zukunft.

Von den Archäologen wird diese Phase als „dunkle Jahrhunderte“ angesprochen, da nur wenige Funde und Befunde überliefert sind. Die Infrastruktur und Verwaltung des römischen Reiches war im Westen Europas weitgehend zum Erliegen gekommen, die einzelnen Städte auf sich selbst gestellt. Außerdem werden in dieser Zeit kaum noch Steingebäude errichtet. Man baut überwiegend Holzbauten, die aufgrund ihrer Vergänglichkeit archäologisch schwerer nachzuweisen sind als Steinbauten.

Aachen wurde von den römischen Bewohnern zwar nicht vollständig verlassen, aber viele römische Gebäude werden nicht mehr unterhalten, das Wassersystem und die Straßen nicht gepflegt. Die Bevölkerung ist nun stark germanisch-fränkisch geprägt.

Besonders interessant ist bei den Merowingern die Frage, ob und in welcher Form Siedlungen aus römischer Zeit kontinuierlich genutzt wurden. Hinweise auf Siedlungen gingen leider oft durch spätere Überbauung verloren. Die neuesten Funde der Domgrabung belegen nun in der Zusammenschau mit älteren Beobachtungen einen merowingerzeitlichen Bestattungsplatz unter dem Dom, der erst mit dem Bau der karolingischen Pfalzkirche aufgegeben wurde.

Durch Neufunde aus dem Elisengarten kann nun aber auch indirekt auf eine nahe liegende Siedlung geschlossen werden. Somit ist für Aachens Innenstadt eine kontinuierliche Besiedlung seit der Römerzeit nachgewiesen.